Taman Nasional Komodo terdiri dari tiga buah pulau besar yaitu pulau Komodo, pulau Rinca dan pulau Padar serta 26 buah pulau besar/kecil lainnya. Sebanyak 11 buah gunung/bukit yang ada di Taman Nasional Komodo dengan puncak tertinggi yaitu Gunung Satalibo (± 735 meter dpl).
Keadaan alam yang kering dan gersang menjadikan suatu keunikan tersendiri. Adanya padang savana yang luas, sumber air yang terbatas dan suhu yang cukup panas; ternyata merupakan habitat yang disenangi oleh sejenis binatang purba Komodo (Varanus komodoensis).